E' ben noto che la storia della scienza nei paesi cattolici e particolarmente in Italia, nei secoli dal XVI al XVIII, è stata studiata già dall'età illuministica, e più largamente a partire da quella positivistica, in riferimento costante a due polarità: la spinta al progresso (in senso concettuale, come evoluzione di teorie e metodi e in senso storico-sociale, come diffusione delle nuove tesi e idee) e una di segno contrario, largamente identificata con l'azione delle due Congregazioni della Chiesa Romana. E' qui superfluo soffermarsi sui connotati e i fondamenti di questa interpretazione del processo storico, come anche sugli episodi che più hanno contribuito a originarla e motivarla. Importa invece rilevare che, mentre la conoscenza della polarità "positiva" è progredita in modo sostanzialmente lineare, non avendo limite che nell'estensione e nella qualità delle indagini storiche, quella della polarità "negativa", nonostante importanti contributi, ha segnato a lungo il passo, data la dispersione di molti archivi inquisitoriali locali e l'inaccessibilità, in linea di principio, dei due archivi di Roma.

Da ciò il prodursi di aspettative insieme amplissime e quasi totalmente indeterminate, per la conoscenza pressoché nulla della struttura dei due archivi e del loro stato susseguente alla dispersione parziale prodotta dal trasporto in Francia in età napoleonica. Il fatto che dall'inaccessibilità si derogasse in casi di speciale significato (come quello di Galilei) ha contribuito per molti decenni ad accrescere, piuttosto che a ridurre, quelle aspettative, perché anche in quei casi la ricerca fu limitata a documenti specifici, di cui si chiedeva di accertare l'esistenza, e l'accertamento fu spesso effettuato non dai ricercatori ma dal personale degli archivi. Così il fatto che potesse venire cercato solo ciò di cui si conosceva, o supponeva, l'esistenza, e che questa venisse stabilita dal personale interno, senza che la ricerca potesse estendersi a ogni e qualsiasi documento attinente al tema o alla persona in oggetto, alimentò l'ipotesi che gli archivi potessero fornire una documentazione amplissima e di altissimo rilievo su molte questioni e eventi: un'ipotesi che, esplicitata in vario grado, si rinviene in una vastissima letteratura.

L'indagine che lo scrivente, coadiuvato da quattro ricercatori, conduce sui documenti rilevanti per la storia della scienza esistenti in entrambi gli archivi relativamente al periodo 1542-1808 (anno dal quale, per l'occupazione napoleonica di Roma, la attività delle due Congregazioni e quindi l'operatività degli archivi, subì un'interruzione) ha già consentito di qualificare, e in aspetti sostanziali ridurre, le aspettative sopra descritte. Di fatto, una conoscenza delle modalità operative concrete delle due Congregazioni e di quelle di produzione e registrazione dei documenti che adottarono, desumibili dalla struttura dei fondi archivistici e dalla natura dei documenti che conservano, permette sia di valutare quali fondi dell'archivio - o parti di essi - andarono perduti negli anni napoleonici, sia di stabilire, e perciò delimitare, il tipo di questioni per le quali potrà emergere una documentazione ampia e diretta; e le indagini finora effettuate, estese ormai a una parte maggioritaria dei due archivi, confermano induttivamente questa delimitazione.

In concreto, basterà osservare che la corrispondenza dei cardinali membri delle due Congregazioni non fu di regola inclusa nei due archivi - con l'eccezione di quella pervenuta ai Prefetti, ma non delle lettere scritte da loro, e anche per le prime solo per certe zone e periodi - ma restò nelle carte personali; e che nei verbali delle sedute la registrazione delle delibere escluse per solito le posizioni espresse dai singoli membri dei due collegi, o le espresse in termini sintetici che per lo più impediscono la ricostruzione dei termini del dibattito interno. Inoltre, l'assenza delle carte personali lascia quasi senza traccia la fase precedente alle decisioni, nella quale l'analisi delle situazioni e la diversità delle valutazioni dovettero avere l'estensione maggiore. Una questione sostanziale alla quale invece gli archivi potranno fornire una risposta è quella della lenta evoluzione dell'atteggiamento delle due Congregazioni - e particolarmente di quella dell'Inquisizione verso il progresso scientifico nel periodo che va dal processo galileiano al termine del secolo XVIII: non solo, quindi, nei confronti della questione più discussa e studiata - l'eliocentrismo e in generale la nuova astronomia - o di altre già parzialmente indagate (materialismo meccanicistico), ma di alcune ugualmente importanti circa le quali l'atteggiarsi del vertice ecclesiastico è noto solo in modo molto parziale e discontinuo (dilatazione del tempo geologico; nascere della biologia e storia naturale moderne; storia prediluviale dell'uomo, e altre).

Se a questi motivi si aggiunge l'effetto della dispersione degli anni posteriori al 1808 - la cui entità, a seguito delle indagini già svolte e di quelle in atto, assume termini quantitativi ingenti - si comprende che la storia dottrinale della scienza - o delle posizioni e iniziative contrarie alle direzioni da essa assunte - può certamente trovare negli archivi dei materiali di alto interesse (in buona parte già individuati dalla ricerca in corso), ma altrettanto certamente in misura notevolmente inferiore - e di natura generalmente molto meno "esplosiva", se non tecnicamente meno importante - di quelle che aspettative più che secolari avevano configurato. Una valutazione diversa va invece fatta per ciò che può dirsi la storia sociale del sapere scientifico (idee, risultati, opere). Per fare un solo esempio, le serie delle richieste - e eventuali autorizzazioni - per la lettura di opere proibite, pur lontane dall'essere continue e sistematiche, consentiranno di valutare l'impatto effettivo delle proibizioni, e il loro reale grado di operatività, su una scala, e con una precisione, largamente superiori a quelle finora possibili.